Dem Sachbereich Betriebswirtschaft des Zweckverbandes AMME kommt ebenfalls eine besondere Bedeutung zu, um den Interessen der Mitgliedsgemeinden und dem Finanzsektor (Wirtschaftsprüfung, Bankwesen, etc.) mit einer ordnungsgemäßen Betriebsführung nachzukommen. Darüber hinaus werden zusätzliche kaufmännische Aufgaben für die Gemeinschaftskläranlage Bayerischer Untermain GmbH wahrgenommen.
Als Grundlage für das Rechnungswesen wurde beim Zweckverband AMME frühzeitig eine doppelte Buchführung in Konten (Doppik) eingeführt. Durch die planmäßige und lückenlose Aufzeichnung aller Geschäftsvorgänge der einzelnen Organisationseinheiten, Abbildung des Ressourcenverbrauchs, Kontrolle durch Gewinn und Verlustrechnung sowie Kosten- und Leistungsrechnung wird eine hohe Transparenz für die Mitgliedsgemeinden und deren Bürgerinnen und Bürger erzielt.